Презумпция правомерности решения налогоплательщика имеет место в случае, когда нормы нормативно-правовых актов допускают неоднозначную (множественную) трактовку прав и обязанностей плательщиков налогов или контролирующих органов, вследствие чего есть возможность принять решение в пользу как налогоплательщика, так и контролирующего органа.
Применение указанного принципа может иметь место после завершения проверки контролирующим органом налогоплательщика и составления акта такой проверки. Это объясняется тем, что в ходе проверки налоговики не принимают обязательные для налогоплательщика решения, а лишь изучают деятельность предприятия и в случае выявления нарушений фиксируют их в акте проверки.
Решения, принятые на основании акта проверки, должны приниматься с соблюдением принципа презумпции правомерности.
В случае обжалования налогоплательщиком решения налоговиков, принятого на основании акта проверки, также предусмотрено применение принципа презумпции правомерности. Так, если нормы Налогового кодекса и/или других нормативно-правовых актов противоречат между собой и допускают неоднозначную (множественную) трактовку прав и обязанностей плательщиков налогов или контролирующих органов, вследствие чего есть возможность принять решение в пользу как налогоплательщика, так и контролирующего органа, решение принимается в пользу плательщика налогов.