ГФСУ в письме от 25.08.2015 г. № 31376/7/99-99-15-01-04-17 разъяснила, что штрафные санкции и пеня за нарушение сроков для самостоятельной уплаты налоговых обязательств по НДС не применяются, если у плательщика в такие сроки есть средства на счетах в СЭА НДС в суммах, достаточных для уплаты НДС в бюджет или на спецсчетах сельхозпредприятий-спецрежимников.
При этом ГФСУ отметила, что в случае начисления в течение переходного периода СЭА НДС, то есть с 01.02.2015 г. по 01.07.2015 г., указанных штрафных санкций, они подлежат списанию контролирующим органом по месту регистрации плательщика НДС в течение 14 рабочих дней.