При смене места учета субъект хозяйствования подает отчетность по налогу на прибыль, НДС, акцизному налогу, ЕСВ и платит эти налоги (взносы) по новому месту учета с даты перехода.
Юридическое лицо перечисляет НДФЛ и военный сбор в бюджет по своему местонахождению, то есть в районный контролирующий орган.
Об этом налоговики напомнили в письме от 09.02.2016 г. № 2799/10/28-10-06-11.